Los Colegios Científicos difieren a los colegios del sistema tradicional, poseen características específicas que hacen de la experiencia de recibir lecciones en nuestros colegios diferentes.Esto de conformidad con el artículo 3 del Decreto Ejecutivo No. 24961-MEP: "Los Colegios Científicos constituyen una modalidad educativa del ciclo diversificado diferente de las otras – la científica – con énfasis en matemática y ciencias." Por lo que  poseen características específicas que hacen de experiencia de recibir lecciones en nuestros colegios algo diferente.

Estas son las caraterísticas más notables de nuestro Sistema:

  1. Son colegios públicos. Así lo garantiza la Ley 7169 - Promoción Desarrollo Científico y Tecnológico y Creación del MICITT (Ministerio de Ciencia y Tecnología).
  2. Son Colegios Preuniversitarios, en razón de sus planes de estudio, contenidos programáticos y nivel de exigencia.
  3. Buscan el desarrollo de habilidades, destrezas, conocimientos y orientación profesional para un óptimo desempeño académico en la Educación Superior.
  4. No son Colegios para todos los estudiantes, sino solamente para aquellos que poseen un interés extraordinario por el estudio de las ciencias exactas (actitud), y una extraordinaria capacidad para el trabajo intenso (aptitud).
  5. Solo se cursa el décimo y undécimo año de la educación diversificada.
  6. Son gratuitos para todos los estudiantes y cuentan además, con un sistema de becas para que ningún estudiante con las condiciones que aquí se piden, pierda la oportunidad de ingresar por falta de medios económicos.
  7. Cuentan con el respaldo de las Universidades en las que operan y sus estudiantes tienen los mismos derechos que los estudiantes universitarios.
  8. El principal interesado por ingresar al Colegio debe ser el estudiante, no los padres de familia; estos deben apoyar la iniciativa, no presionarla. Esta característica es determinante.